Bercerita penghujung Perang Dunia 2, pilot kamikaze Kōichi Shikishima mendaratkan pesawat Mitsubishi A6M Zero-nya di sebuah pangkalan udara Jepang di Pulau Odo. Kepala mekanik Sōsaku Tachibana menyimpulkan bahwa Shikishima telah kabur dari tugasnya dengan berpura-pura mengalami kerusakan teknis. Pada malam itu, Godzilla, seekor mahkhluk besar seperti dinosaurus, menyerang garnisun. Shikishima terperangah dan tidak bisa membawa dirinya untuk menembak monster itu dari pesawatnya dan kemudian pingsan. Tachibana, satu-satunya penyintas lainnya dari serangan itu, menyalahkan Shikishima karena gagal untuk bertindak. Shikishima pulang ke rumah dan menemukan bahwa orangtuanya telah terbunuh dalam Pemboman Tokyo.