Bercerita beberapa generasi setelah kematian Caisar, kera telah membentuk banyak klan, sementara manusia menjadi lebih liar. Noa, seekor simpanse muda dari klan yang pelatih elang, mempersiapkan upacara kedewasaan dengan mengumpulkan telur elang bersama temannya Anaya dan Soona. Tapi, manusia pemulung mengikuti Noa pulang dan secara tidak sengaja memecahkan telurnya saat terjadi perkelahian sebelum melarikan diri. Saat mencari telur pengganti, Noa bertemu dengan sekelompok perampok kera yang menggunakan senjata listrik. Saat Noa bersembunyi dari mereka, para kera mengikuti kudanya kembali ke klannya. Noa bergegas pulang dan menemukan desanya terbakar oleh jenderal gorila Sylva membunuh ayahnya, Koro, sebelum menjatuhkan Noa dari tempat tinggi.